《植物大战僵尸2》在关卡上以大地图、三大章节的形式呈现,分别为神秘埃及、海盗港湾和狂野西部。在地图的每段路口又有不同的分叉口,玩家可以自主选择难度各异的额外关卡获取道具来辅助主线关卡,自由度更高。